Gráfico vulcão
Agora você vai visualizar o grau de expressão diferencial para cada contraste com um gráfico vulcão, que exibe as chances logarítmicas de expressão diferencial no eixo y versus a variação de dobra em log no eixo x.
Este exercício faz parte do curso
Análise de Expressão Diferencial com limma em R
Instruções do exercício
O objeto de modelo ajustado fit2 já foi carregado no seu ambiente. O pacote limma já está carregado.
Acesse os símbolos gênicos (
symbol) do data framefit2$genes.Crie um gráfico vulcão que destaque os 5 principais genes para cada um dos 3 contrastes.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)