Matriz de delineamento
O experimento com doxorrubicina é um delineamento fatorial 2x2, então você precisará criar uma variável combinada para usar na parametrização por médias de grupos.
Este exercício faz parte do curso
Análise de Expressão Diferencial com limma em R
Instruções do exercício
O objeto ExpressionSet eset com os dados de doxorrubicina foi carregado no seu ambiente.
Combine as variáveis
genotype(WT vs. Top2b nocaute) etreatment(PBS vs. Dox) em uma única variável do tipo fator.Use
model.matrixpara criar uma matriz de delineamento sem intercepto.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)