Boxplot de Top2b
Agora, um teste de sanidade: crie um boxplot do nível de expressão de Top2b para confirmar que os camundongos nulos têm níveis mais baixos de expressão de Top2b.
Lembre-se de que você fez um boxplot semelhante no Capítulo 1, Exercício 4.
Este exercício faz parte do curso
Análise de Expressão Diferencial com limma em R
Instruções do exercício
O objeto ExpressionSet eset com os dados de doxorrubicina foi carregado no seu ambiente.
Encontre a linha que contém os dados de Top2b procurando por
"Top2b"na coluna"symbol"dos dados de features.Crie um boxplot usando a sintaxe de fórmula. O nível de expressão deve ficar à esquerda de
~, e a variável de genótipo à direita.Passe a linha do data frame de features para
mainpara dar título ao gráfico.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")
# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
main = ___(eset)[top2b, ])