Teste de expressão diferencial para médias de grupos

Agora que você especificou a matriz de design e a matriz de contrastes, pode testar a expressão diferencial.

Este exercício faz parte do curso

Análise de Expressão Diferencial com limma em R

Instruções do exercício

O objeto ExpressionSet eset com os dados de leucemia, a matriz de design (design) e a matriz de contrastes (cm) já foram carregados no seu workspace.

Ajuste os coeficientes do modelo com lmFit.
Ajuste os contrastes com contrasts.fit.
Calcule as estatísticas t com eBayes.
Resuma os resultados com decideTests. Você não precisa fazer subset de fit2 como fez na parametrização com contrastes de tratamento porque não há termo de intercepto no modelo de médias de grupos.

Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

Editar e executar o código