Matriz de design para fatorial 2x2
Neste experimento fatorial 2x2 para investigar o efeito da seca no crescimento de árvores, 2 tipos diferentes de árvore Populus foram cultivados com 2 quantidades diferentes de água. Para ter um coeficiente do modelo por grupo, você precisa primeiro combinar as duas variáveis.
Este exercício faz parte do curso
Análise de Expressão Diferencial com limma em R
Instruções do exercício
O objeto ExpressionSet eset com os dados de Populus foi carregado no seu ambiente.
Combine as variáveis
type(o tipo de árvore) ewater(normal vs. seca) em uma única variável fator.Use
model.matrixpara criar uma matriz de design sem intercepto.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)