Matriz de desenho para 3 grupos
No experimento de hipóxia, células-tronco foram expostas a 3 níveis diferentes de oxigênio: 1%, 5% e 21%. Para contrastar a função celular nesses 3 ambientes, use a parametrização por médias de grupo para especificar um modelo linear com um coeficiente para cada nível de oxigênio.
Este exercício faz parte do curso
Análise de Expressão Diferencial com limma em R
Instruções do exercício
O objeto ExpressionSet eset com os dados de hipóxia foi carregado no seu ambiente.
- Use
model.matrixpara criar uma matriz de desenho sem intercepto. Lembre-se de que a variável de interesse deste estudo (3 níveis de oxigênio) está na colunaoxygendo data frame de fenótipo.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)