Crie um boxplot com um objeto ExpressionSet
Agora que você reuniu todos os dados experimentais em um único objeto ExpressionSet, fica mais prático fazer subconjuntos de features e amostras. Neste exercício, você vai criar novamente um boxplot para visualizar um gene, mas desta vez também vai selecionar as amostras incluídas no gráfico.
Este exercício faz parte do curso
Análise de Expressão Diferencial com limma em R
Instruções do exercício
O ExpressionSet eset foi carregado no seu workspace.
Faça um subconjunto de
esetcontendo apenas as primeiras 10 amostras (colunas).Crie um boxplot do 1000º gene (isto é, linha) em
eset_subusando as funções de acessoexprs,pDataefData.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]
# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)
# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])