Teste de expressão diferencial entre 2 grupos

Agora que você tem um objeto ExpressionSet e uma matriz de delineamento, pode ajustar e testar seu modelo com o limma.

Este exercício faz parte do curso

Análise de Expressão Diferencial com limma em R

Instruções do exercício

O objeto ExpressionSet eset com os dados de leucemia e a matriz de delineamento que você acabou de criar (design) foram carregados no seu ambiente de trabalho.

Ajuste os coeficientes do modelo com lmFit.
Calcule as estatísticas t com eBayes.
Resuma os resultados com decideTests.
Como não faz sentido testar o termo de intercepto, especifique o coeficiente "Diseasestable" ao executar decideTests.

Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)

# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)

Editar e executar o código