Categorias de ontologia gênica
No exercício anterior, você testou o enriquecimento de vias biológicas. Agora, você vai testar o enriquecimento em conjuntos de genes que influenciam o mesmo processo biológico, conhecidos como categorias de ontologia gênica (GO). Quais categorias de GO estão super-representadas nos genes diferencialmente expressos do estudo de leucemia?
Este exercício faz parte do curso
Análise de Expressão Diferencial com limma em R
Instruções do exercício
O objeto do modelo ajustado do estudo de leucemia do Capítulo 2, fit2, foi carregado no seu espaço de trabalho. O pacote limma já está carregado.
Extraia os IDs de genes Entrez do data frame
fit2$genes.Teste categorias de GO enriquecidas com
goana. Defina a espécie como"Hs"para Homo sapiens.Veja as 20 principais categorias de GO enriquecidas com
topGO. Defina o argumentoontologycomo"BP"para retornar Processos Biológicos.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)
# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)