Matriz de contrastes para médias de grupos

Como você está usando a parametrização por médias de grupos, agora há uma etapa extra no pipeline do limma. Os coeficientes passam a representar o nível médio de expressão para cada um dos dois grupos de amostras, então você precisa especificar um contraste personalizado para testar diferenças entre as leucemias progressivas e estáveis.

Este exercício faz parte do curso

Análise de Expressão Diferencial com limma em R

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Instruções do exercício

O objeto ExpressionSet eset com os dados de leucemia e a matriz de delineamento que você acabou de criar (design) foram carregados no seu ambiente.

Use makeContrasts para definir o contraste status, que é a diferença no nível médio de expressão entre os cânceres progressivos e estáveis.
Passe a matriz de delineamento design para o argumento levels. Isso permite que os nomes de coluna de design (que correspondem aos coeficientes) sejam usados nas definições dos contrastes.

Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

Editar e executar o código