Matriz de delineamento para o modelo de médias por grupo
No capítulo anterior, você testou os dados de leucemia para expressão diferencial usando a parametrização tradicional de contrastes de tratamento. Como primeiro passo para aprender a parametrização mais flexível de médias por grupo, você vai testar novamente os dados de leucemia para confirmar que obtém os mesmos resultados.
Este exercício faz parte do curso
Análise de Expressão Diferencial com limma em R
Instruções do exercício
O objeto ExpressionSet eset com os dados de leucemia já foi carregado no seu ambiente.
- Use
model.matrixpara criar uma matriz de delineamento sem intercepto. Lembre-se de que a variável de interesse deste estudo (cânceres progressivos vs. estáveis) está na colunaDiseasedo data frame de fenótipos.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)