차이를 만드는 유전자들
ChIP-seq 피크를 식별하는 것만으로는 세포 내부에서 무슨 일이 일어나는지 충분히 알기 어렵습니다.
이 연습 문제에서는 유전체 주석을 활용해 ChIP-seq 결과를 해석하는 방법을 미리 살펴봅니다. 두 개의
유전자 세트가 이미 R 세션에 로드되어 있습니다. 첫 번째 ar_sets에는 원발 종양과 치료 저항성 종양에서
피크와 연관된 모든 유전자의 목록이 들어 있습니다. 두 번째 db_sets는 첫 번째의 부분집합으로,
두 조건 간에 차등 결합 증거가 있는 피크와만 연관된 유전자들을 포함합니다.
여러분은 UpSetR 패키지의 upset() 함수를 사용해 원발 종양과 치료 저항성 종양 샘플의 유전자 세트 간
겹침을 시각화하게 됩니다.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq
연습 안내
ar_sets객체에 저장된 전체 유전자 세트를 확인하세요.upset()함수를 사용해 두 그룹 간의 겹침을 시각화하세요.- 차등 결합된 유전자들을 살펴보세요.
upset()함수를 사용해 두 그룹 간 차등 결합 피크의 겹침을 시각화하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Take a look at the full gene sets
print(___)
# Visualise the overlap between the two groups using the `upset` function
upset(fromList(___))
# Print the genes with differential binding
___(db_sets)
# Visualise the overlap of differentially bound peaks between the two groups using the `upset` function
___(fromList(___))