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  3. R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq
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Exercise

차이를 만드는 유전자들

ChIP-seq 피크를 식별하는 것만으로는 세포 내부에서 무슨 일이 일어나는지 충분히 알기 어렵습니다. 이 연습 문제에서는 유전체 주석을 활용해 ChIP-seq 결과를 해석하는 방법을 미리 살펴봅니다. 두 개의 유전자 세트가 이미 R 세션에 로드되어 있습니다. 첫 번째 ar_sets에는 원발 종양과 치료 저항성 종양에서 피크와 연관된 모든 유전자의 목록이 들어 있습니다. 두 번째 db_sets는 첫 번째의 부분집합으로, 두 조건 간에 차등 결합 증거가 있는 피크와만 연관된 유전자들을 포함합니다.

여러분은 UpSetR 패키지의 upset() 함수를 사용해 원발 종양과 치료 저항성 종양 샘플의 유전자 세트 간 겹침을 시각화하게 됩니다.

Instructions

100 XP
  • ar_sets 객체에 저장된 전체 유전자 세트를 확인하세요.
  • upset() 함수를 사용해 두 그룹 간의 겹침을 시각화하세요.
  • 차등 결합된 유전자들을 살펴보세요.
  • upset() 함수를 사용해 두 그룹 간 차등 결합 피크의 겹침을 시각화하세요.