피크 호출
Reads는 유전체 전역에 흩어져 있지만, 관심 있는 단백질이 결합한 위치에는 많은 read가 겹쳐 쌓여 coverage에서 피크가 나타나요. 이러한 피크는 보통 유전체 좌표와 함께, 해당 피크에서 관찰된 신호의 강도를 나타내는 점수로 기록됩니다.
피크 호출 결과가 R에 미리 로드되어 있어요. 피크 호출은 peaks라는 GenomicRanges 객체에 저장되어 있습니다. GenomicRanges 객체의 내용을 확인하는 일반적인 함수들 외에도, 피크 호출을 위해 준비된 편의 함수 두 가지를 사용할 수 있어요. chrom 함수로 피크가 위치한 염색체를 얻을 수 있고, score 함수로 해당 피크의 점수를 얻을 수 있습니다.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq
연습 안내
peaks의 요약 정보를 출력하세요.- 최고 점수를 가진 피크의 인덱스를
score()함수로 찾으세요. - 최고 점수 피크의 유전체 좌표를
chrom()과ranges()함수를 사용해 추출하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___