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  3. R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq
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연습 문제

피크 통합하기

피크 호출에 주석을 다는 방법을 살펴보기 전에, 모든 샘플의 호출을 포함하는 병합 피크 집합을 얻는 방법을 먼저 확인해 보면 좋아요. 이를 위해 패키지 ChIPpeakAnno는 findOverlapsOfPeaks() 함수를 제공해요. 이 함수는 최대 다섯 개 샘플에서 GenomicRanges로 표현된 피크 집합을 병합할 수 있어요.

이 함수를 사용하려면, 앞서 만든 ChIPQCexperiment 객체에서 피크 호출 정보를 먼저 추출해야 해요. peaks() 함수를 사용하면 피크 위치를 가져올 수 있어요. 이때 모든 샘플의 피크 호출이 반환된다는 점을 유의하세요. 여기에는 QC를 통과하지 못한 샘플도 포함돼요. QC 단계에서 추가 분석 대상으로 선택한 샘플의 인덱스를 담은 벡터는 qc_pass로 제공돼요.

지침

100 XP
  • ChIPQCexperiment 객체에서 피크를 추출하세요.
  • QC를 통과하지 못한 모든 샘플을 제외하세요.
  • findOverlapsOfPeaks() 함수를 사용해 피크 집합 간의 겹침을 찾으세요.
  • mergedPeaks 항목으로 제공되는 병합 피크 집합을 확인하세요.