피크 통합하기
피크 호출에 주석을 다는 방법을 살펴보기 전에, 모든 샘플의 호출을 포함하는 병합 피크 집합을 얻는 방법을 먼저 확인해 보면 좋아요. 이를 위해 패키지 ChIPpeakAnno는 findOverlapsOfPeaks() 함수를 제공해요. 이 함수는 최대 다섯 개 샘플에서 GenomicRanges로 표현된 피크 집합을 병합할 수 있어요.
이 함수를 사용하려면, 앞서 만든 ChIPQCexperiment 객체에서 피크 호출 정보를 먼저 추출해야 해요. peaks() 함수를 사용하면 피크 위치를 가져올 수 있어요. 이때 모든 샘플의 피크 호출이 반환된다는 점을 유의하세요. 여기에는 QC를 통과하지 못한 샘플도 포함돼요. QC 단계에서 추가 분석 대상으로 선택한 샘플의 인덱스를 담은 벡터는 qc_pass로 제공돼요.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq
연습 안내
- ChIPQCexperiment 객체에서 피크를 추출하세요.
- QC를 통과하지 못한 모든 샘플을 제외하세요.
findOverlapsOfPeaks()함수를 사용해 피크 집합 간의 겹침을 찾으세요.mergedPeaks항목으로 제공되는 병합 피크 집합을 확인하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)