ChIP-seq 실험 소개입니다. 왜 흥미로울까요? ChIP-seq으로 어떤 현상을 연구할 수 있고, 이러한 실험에서 무엇을 배울 수 있는지 알아봅니다.

ChIP-seq란 무엇인가요?

ChIP-seq 복습

시퀀싱 데이터

피크 호출

ChIP-seq 워크플로우

히트맵

차이를 만드는 유전자들

ChIP-seq 결과 요약

ChIP-seq 데이터 이해하기

ChIP-seq 소개

이제 본격적으로 ChIP-seq 분석을 시작합니다. 이 장에서는 데이터를 가져오고 정제하는 Bioconductor 도구를 소개합니다.

데이터 가져오기

BAM 파일 읽기

BED 파일 읽기

피크를 좀 더 자세히 살펴보기

영역을 자세히 그려 보기

주석 추가하기

ChIP-seq 데이터 정리하기

블랙리스트 영역 제거하기

리드 필터링

필터링한 데이터와 원시 리드 비교하기

농축 평가하기

Coverage 계산하기

피크 vs 백그라운드

기초로 돌아가기 - ChIP-seq 데이터 준비

이 장에서는 ChIP-seq 샘플 간의 차이를 식별하고 시각화하는 기법을 소개합니다.

Differential binding 소개

여러분 눈에는 이 샘플들이 같아 보이나요?

샘플 클러스터링

단백질 결합의 차이 시각화

차등 결합 테스트

리드 카운트 불러오기

모델 설정하기

모델 적합하기

PCA와 히트맵 다시 살펴보기

차등 결합 자세히 들여다보기

MA 플롯

볼케이노 플롯

단백질 결합 차이 요약하기

ChIP-seq 샘플 비교하기

샘플 집단 간 결합의 차이를 파악하는 것은 중요하지만, 그 의미는 무엇일까요? 이 장에서는 차등 결합 결과를 해석하여 피크 호출에서 생물학적으로 의미 있는 통찰로 이어지는 전략을 다룹니다.

ChIP-seq 피크 해석하기

피크 통합하기

주석 정보 활용하기

피크 주석 달기

어떤 피크가 다를까요?

유전자 목록 해석하기

피크를 유전자와 연결하기

공통된 주제 찾기

경로에 미치는 영향 이해하기

경로 자세히 살펴보기

고급 ChIP-seq 분석

피크에서 유전자, 그리고 기능으로

Chromosome 20 dataset

Androgen Receptor ChIP-seq Peaks dataset

ChIP-seq 분석은 생물정보학의 중요한 분야예요. 이 분석을 통해 우리 몸의 세포가 어떻게 기능하는지 들여다볼 수 있습니다. 지금 이 웹페이지를 읽도록 돕는 뇌세포든, 질병을 일으킬 수 있는 미생물을 찾아다니는 면역세포든, 모두 같은 유전체를 가지고 있어요. 이들을 구분하는 것은 바로 그때그때 활성화된 유전자입니다. 어떤 유전자가 켜지고 꺼지는지는 유전자를 활성화하거나 비활성화할 수 있는 단백질들의 복잡한 조절 체계에 의해 결정돼요. 이 조절 장치가 균형을 잃으면 암 등 심각한 질병으로 이어질 수 있습니다. ChIP-seq 분석은 이러한 조절 단백질의 기능과 질병에 어떻게 기여하는지를 이해하게 해주며, 세포가 통제를 벗어나지 않도록 개입할 수 있는 실마리도 제공합니다. 이 강의에서는 실제 데이터셋을 다루며, R에서 ChIP-seq 데이터를 처리하고 분석하는 방법을 배워 보겠습니다.

Intermediate R

Introduction to Bioconductor in R

Bioconductor로 인간 암 데이터셋을 분석하고 해석하는 방법을 배워보세요.

R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

사람 암 데이터셋으로 ChIP-seq 데이터를 Bioconductor로 분석·해석하는 법을 학습하세요.

유전체 데이터 분석 in R

Statistician, Macquarie University

피크 자세히 살펴보기

Gviz 사용하기

무엇을 플로팅하고 있나요?

좌표 설정

데이터 추가

어노테이션 추가

유전자 어노테이션

연습해 봅시다!

기초로 돌아가기 - ChIP-seq 데이터 준비 - 피크를 좀 더 자세히 살펴보기

피크를 좀 더 자세히 살펴보기

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