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  5. R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

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演習

어떤 피크가 다를까요?

샘플 간 피크 호출이 얼마나 다른지 살펴보세요. 이전에 작업했던 병합 피크를 기준으로, 서로 다른 샘플 사이에 공유되는 피크는 몇 개인가요?

이 질문에 답하는 한 가지 방법은 벤 다이어그램을 그려보는 것입니다. DBA 객체에서 dba.plotVenn() 함수를 사용하면 바로 만들 수 있어요. 다른 대안으로는 UpSetR 패키지를 사용해 UpSet 플롯을 그리는 방법이 있습니다. UpSet 플롯은 벤 다이어그램의 타원을 막대 그래프들의 집합으로 대체해 다양한 부분집합의 크기를 보여줍니다. upset() 함수는 각 집합(즉, 샘플)을 나타내는 열을 하나씩 두고, 각 피크의 집합 포함 여부를 표시하는 데이터 프레임을 입력으로 필요로 합니다. 필요한 데이터는 ar_diff 객체의 called 필드에 들어 있습니다.

指示1 / 2

undefined XP
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  • ar_diff 객체로부터 벤 다이어그램을 만드세요.