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  3. R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq
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演習

블랙리스트 영역 제거하기

블랙리스트 영역에 있는 피크를 식별하고 제거하는 일은 이후 분석을 위한 데이터 준비의 중요한 단계예요. 이 연습에서는 ChIPQC 패키지에 포함된 블랙리스트를 사용합니다. 이는 ENCODE에서도 직접 내려받을 수 있어요.

이 연습에서 피크 콜은 peaks, coverage 데이터는 cover, 블랙리스트 영역은 blacklist.hg19에 들어 있어요. 여기서는 findOverlaps() 함수가 유용합니다. 겹치는 영역의 개념은 Bioconductor 입문 과정에서 이미 다뤘고, 이 장의 뒤에서 다시 살펴볼 예정이에요.

이 연습에 필요한 모든 데이터와 R 패키지를 불러오는 데 잠시 시간이 걸릴 수 있어요. 잠시만 기다려 주세요.

指示

100 XP
  • 피크와 블랙리스트 영역 사이의 모든 overlap을 찾으세요.
  • Gviz를 사용해 read coverage, 피크 콜, 블랙리스트 영역을 플로팅하세요.
  • 블랙리스트에 해당하는 모든 피크를 제거하세요.