블랙리스트 영역 제거하기
블랙리스트 영역에 있는 피크를 식별하고 제거하는 일은 이후 분석을 위한 데이터 준비의 중요한 단계예요. 이 연습에서는 ChIPQC 패키지에 포함된 블랙리스트를 사용합니다. 이는 ENCODE에서도 직접 내려받을 수 있어요.
이 연습에서 피크 콜은 peaks, coverage 데이터는 cover, 블랙리스트 영역은 blacklist.hg19에 들어 있어요. 여기서는 findOverlaps() 함수가 유용합니다. 겹치는 영역의 개념은 Bioconductor 입문 과정에서 이미 다뤘고, 이 장의 뒤에서 다시 살펴볼 예정이에요.
이 연습에 필요한 모든 데이터와 R 패키지를 불러오는 데 잠시 시간이 걸릴 수 있어요. 잠시만 기다려 주세요.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq
연습 안내
- 피크와 블랙리스트 영역 사이의 모든 overlap을 찾으세요.
- Gviz를 사용해 read coverage, 피크 콜, 블랙리스트 영역을 플로팅하세요.
- 블랙리스트에 해당하는 모든 피크를 제거하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Find all overlaps between peaks and blacklisted regions
blacklisted <- ___(peaks, blacklist.hg19, type="within")
# Create a plot to display read coverage together with peak calls and blacklisted regions in the selected region
cover_track <- ___(cover, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Calculate peak_track and region_track, plot plotTracks
peak_track <- ___(peaks, name="Peaks", fill="orange")
region_track <- ___(region, name="Blacklist")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, peak_track, region_track, GenomeAxisTrack()),
chromosome="chr21", from=start(region)-1000, to=end(region)+1000)
# Remove all blacklisted peaks
clean_peaks <- ___[-from(blacklisted)]