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  3. R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq
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연습 문제

피크 주석 달기

이전 연습 문제에서 모든 샘플의 피크 콜을 병합한 표(peaks_merged)와 유전자 주석 표(human_genes)를 만들었어요. 이제 ChIPpeakAnno 패키지의 annoPeaks() 함수를 사용해 두 표의 정보를 결합해 봅니다. bindingRegion 인자로 정의한 범위 안에서 유전자의 시작점에 충분히 가까운 각 피크에 대해, 이 함수는 해당 유전자에 대한 자세한 정보를 데이터 프레임으로 반환해요. 여기에는 피크가 유전자에 대해 어디에 위치하는지를 나타내는 insideFeature 열이 포함됩니다.

지침

100 XP
  • 가장 가까운 유전자로 피크를 주석 처리하세요.
  • 유전자와 매핑되어 주석이 달린 피크의 개수를 구하세요.
  • 피크가 유전자 대비 어느 위치에 있었는지 요약하는 표를 만드세요.