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  3. R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq
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अभ्यास

리드 필터링

이번 연습에서는 정렬 품질이 낮은 리드를 제거해 데이터를 더 정제해 보겠습니다. 이를 위해서는 BAM 파일에서 정렬 품질을 불러와야 합니다. 이 값은 mapq 필드에 저장되어 있습니다.

निर्देश

100 XP
  • 각 리드에 정렬 품질 정보가 포함되도록 reads를 로드하세요.
  • 품질 점수가 20 이상인 모든 정렬을 식별하세요.
  • 고품질 그룹과 저품질 그룹 간 정렬 품질 분포를 비교하는 상자그림을 만드세요.
  • 모든 저품질 정렬을 제거하세요.