1. 학습
    2. /
  2. 강의
    3. /
  3. R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq
Connected

연습 문제

피크를 유전자와 연결하기

이제 피크, 유전자, 그리고 그 기능 간의 관계를 더 자세히 살펴볼 준비가 거의 되었어요. 그 전에, 피크 위치가 유전자와 어떻게 연결되는지 자세히 확인해 보겠습니다. 이를 위해 chipenrich 패키지는 유용한 시각화 함수를 제공합니다. peaks 객체에는 앞에서 사용한 피크의 좌표가 들어 있어요. plot_dist_to_tss() 함수는 피크 위치와 유전자의 전사 시작점(TSS) 사이 거리 분포를 시각화합니다.

plot_chipenrich_spline() 함수는 유전자 길이에 비해 피크가 얼마나 자주 나타나는지 평가할 수 있게 해줘요. 관측된 빈도뿐 아니라 Fisher의 정확 검정, 이항 모델, 그리고 chipenrich() 함수가 사용하는 모델에 대한 기대 분포도 함께 그려줍니다.

지침 1/2

undefined XP
    1
    2
  • 피크와 전사 시작점 사이 거리의 분포를 시각화하세요.