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연습 문제

모델 설정하기

그룹 간 실제 비교를 실행하기 전에, 샘플이 각 그룹에 어떻게 나뉘는지 DiffBind에 알려야 해요. 가장 쉬운 방법은 DiffBind가 샘플에 부여하는 미리 정의된 범주를 사용하는 것입니다. 여기에는 각 샘플에 연결된 condition(상태)이나 tissue(조직)처럼 자주 쓰이는 그룹화가 포함돼요. DBA_CONDITION, DBA_TISSUE와 같은 상수를 categories 인자로 지정해 어떤 범주를 사용할지 알려줄 수 있습니다. 사용 가능한 상수의 전체 목록은 dba.contrast() 도움말 페이지에서 확인할 수 있어요.

지침

100 XP
  • ar_binding 객체를 살펴보세요.
  • Primary Tumor(primary)와 Treatment Resistant(TURP) condition에 해당하는 범주를 확인하세요.
  • 두 종양 유형을 비교하도록 contrast를 설정하세요.
  • contrast가 추가되었는지 확인하기 위해 dba_peaks 객체를 살펴보세요.