모델 설정하기

그룹 간 실제 비교를 실행하기 전에, 샘플이 각 그룹에 어떻게 나뉘는지 DiffBind에 알려야 해요. 가장 쉬운 방법은 DiffBind가 샘플에 부여하는 미리 정의된 범주를 사용하는 것입니다. 여기에는 각 샘플에 연결된 condition(상태)이나 tissue(조직)처럼 자주 쓰이는 그룹화가 포함돼요. DBA_CONDITION, DBA_TISSUE와 같은 상수를 categories 인자로 지정해 어떤 범주를 사용할지 알려줄 수 있습니다. 사용 가능한 상수의 전체 목록은 dba.contrast() 도움말 페이지에서 확인할 수 있어요.

이 연습은 강의의 일부입니다

R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

강의 보기

연습 안내

ar_binding 객체를 살펴보세요.
Primary Tumor(primary)와 Treatment Resistant(TURP) condition에 해당하는 범주를 확인하세요.
두 종양 유형을 비교하도록 contrast를 설정하세요.
contrast가 추가되었는지 확인하기 위해 dba_peaks 객체를 살펴보세요.

실습형 인터랙티브 연습

이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.

# Examine the ar_binding object
print(___)

# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____

# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)

# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)

코드 편집 및 실행