주석 정보 활용하기
이 연습 문제에서는 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 패키지에서 얻은 유전자 좌표를 사용해 볼 거예요. 이 패키지는 알려진 모든 인간 유전자의 좌표를 제공합니다. 염색체 20번에 있는 유전자들의 좌표와 고유 ID를 담은 GRanges 객체가 human_genes라는 이름으로 미리 로드되어 있어요.
이러한 ID는 유전자를 식별하는 데 유용하지만, 직관적으로 이해하기는 쉽지 않아요. 사람이 읽기 쉬운 유전자 기호를 함께 추가하면 도움이 됩니다. 이를 위해 서로 다른 유전자 식별자 간 매핑을 제공하는 org.Hs.eg.db 패키지를 활용할 수 있어요. select() 함수는 각 ID에 대해 SYMBOL 열에 저장된 유전자 기호를 가져오도록 해줍니다. 이 정보를 추출한 뒤 유전자 위치 표에 추가해 주세요.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq
연습 안내
- org.Hs.eg.db의
SYMBOL열에서 유전자 기호를 가져오세요. - 반환된 주석의 구조를 확인하세요.
- 유전자 기호를
human_genes에 추가하세요. - 결과를 확인하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Obtain gene symbols
gene_symbol <- ___(org.Hs.eg.db, keys=human_genes$gene_id, columns="SYMBOL", keytype="ENTREZID")
# Examine the structure of the returned annotations
str(___)
# Add gene symbols to gene coordinates
human_genes$symbol <- ___
# Examine output
print(human_genes)