공통된 주제 찾기

chipenrich 패키지의 chipenrich() 함수는 우연히 기대되는 것보다 ChIP-seq 피크와 더 자주 연관되는 유전자 집단을 찾아줍니다. 이를 위해서는 유전자를 어떤 기준으로 묶을지 정하는 것이 중요해요. 이번 연습에서는 Broad Institute에서 정의한 Hallmark genesets를 살펴보겠습니다.

보통은 두 집단을 구분하는 분자적 과정을 더 잘 드러내기 위해 차등 결합된 피크로 분석 범위를 제한합니다. 하지만 이번에 다루는 데이터는 샘플 수가 적기 때문에, 치료 내성 종양 샘플에서 신호가 더 강한 피크만을 대상으로 살펴보겠습니다.