모델 적합하기
이제 차등 결합 분석을 수행할 준비가 되었어요. 이 분석은 두 종양 유형 사이에서 어떤 피크의 강도가 유의하게 다른지 알려줍니다. 집단 간에 어떤 피크가 다른지 알면, 이러한 차이를 유발하는 기저 메커니즘을 규명하려는 후속 분석의 기반이 됩니다. 우선, 차등적으로 결합된 피크를 찾아보겠습니다. DiffBind의 dba.analyze() 함수를 사용하면 이를 수행할 수 있어요. 이전 연습 문제에서 이미 종양 유형 간 비교를 위한 대비(contrast)를 설정했죠. 해당 대비를 포함한 객체를 사용해 dba.analyze()를 호출하면 나머지 작업을 간단히 수행할 수 있습니다.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq
연습 안내
- 필요한 대비(contrast)가 들어 있는지 확인하려고
ar_binding객체를 살펴보세요. - 차등 결합 분석을 실행하세요.
- 결과를 확인하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)