영역을 자세히 그려 보기
이제 여러분이 Gviz를 사용해 특정 유전체 영역을 직접 그려 볼 차례예요. 이 연습 문제의 모든 데이터는 하나의 샘플에서 나온 염색체 20에 해당합니다. 염색체 20의 이디오그램은 미리 만들어 ideogram으로 제공돼요. 매핑된 리드는 이미 커버리지 데이터로 변환되어 있으며, cover_ranges라는 GRanges 객체로 제공됩니다. 여러분이 그릴 영역의 피크 콜은 peak_calls 객체에 저장되어 있어요.
이 연습 문제에 필요한 데이터와 R 패키지를 모두 불러오는 데 잠시 시간이 걸릴 수 있습니다. 잠시만 기다려 주세요.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq
연습 안내
- 피크 콜을 위한 애너테이션 트랙을 만드세요.
- 리드 커버리지를 위한 데이터 트랙을 만드세요.
- 위에서부터 차례대로 이디오그램, 커버리지 트랙, 피크 콜 트랙, 유전체 위치 축이 보이도록 플롯을 표시하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)