히트맵

다음 장에서 ChIP-seq 워크플로의 세부 내용을 살펴보기 전에, 여기에서 분석 결과의 일부를 미리 살펴보겠습니다.

이번 연습 문제에서는 히트맵을 사용해 샘플 간 차이를 어떻게 시각화하는지 알아봅니다. 데이터는 이미 로드되어 있으며 heatmap() 함수로 바로 그릴 수 있도록 형식이 맞춰져 있습니다.

샘플 상관행렬은 sample_cor로 제공되며, 각 피크의 정규화된 읽기 수는 read_counts 객체에 저장되어 있습니다. 두 경우 모두 처음 두 샘플은 원발 종양에서, 마지막 두 샘플은 치료 내성 샘플에서 얻은 것입니다.

어떤 샘플이 같은 그룹에 속하는지 강조하려면, 그룹 레이블 벡터를 heatmap() 함수의 ColSideColors와 RowSideColors 인수에 전달하면 됩니다.

플롯에서 그룹을 표시할 수 있도록 색상 이름으로 이루어진 벡터를 만드세요.
샘플 상관행렬 sample_cor를 히트맵으로 그리세요.
피크 읽기 수에 대한 히트맵을 생성하세요.