Coverage 계산하기
이제 평균 조각 길이로 리드를 확장해서 더 정확한 coverage 추정치를 구해 볼까요? 리드를 확장하면 한 조각(fragment)의 양 끝에서 온 리드를 하나의 coverage 피크로 합칠 수 있어, 배경 잡음과 실제 피크를 더 잘 구분하는 데 도움이 됩니다.
이 연습 문제에서 사용할 샘플 GSM1598218의 BAM 파일은 이미 불러와 두었습니다. 이 샘플의 평균 조각 길이는 183 bp입니다. 리드는 reads_gr라는 GRanges 객체로 제공됩니다.
이 연습 문제에 필요한 데이터와 R 패키지를 모두 로드하는 데 잠시 시간이 걸릴 수 있어요. 조금만 기다려 주세요.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq
연습 안내
- 리드를 평균 조각 길이로 확장하세요.
- 조각 coverage를 계산하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)