경로 자세히 살펴보기
이번 연습 문제에서는, enrichment 분석에서 확인된 경로로 연결되며 ChIP-seq 피크가 있는 유전자를 하이라이트하는 URL을 만들어 볼 거예요. 이렇게 하면 유전자(정확히는 해당 유전자가 암호화하는 단백질)들이 서로 및 다른 단백질과 어떻게 상호작용하는지 한눈에 파악할 수 있어요. 경험이 쌓이면, 이는 연구에서 비교한 그룹 간 차이를 설명할 수 있는 잠재적 기전을 빠르게 떠올리는 데 도움이 됩니다.
이 URL의 일반 형식은 다음과 같아요: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
enrichment 분석 결과에서 가장 상위 경로를 표시하고, 피크와 연관된 유전자들을 하이라이트하도록 필요한 URL을 만들어 보세요. 앞에서 만든 top_path와 genes 객체가 워크스페이스에 준비되어 있습니다.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq
연습 안내
- URL에 경로 ID를 추가하세요.
- 피크와 연관된 경로 내 유전자들의 ID를
'+'로 구분된 하나의 문자열로 합치세요. - URL에 유전자 선택 문자열을 추가하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")