Istogramma dei p-value
Un buon grafico diagnostico è l’istogramma dei p-value. Un’alta densità di p-value bassi indica molti geni a espressione differenziale; al contrario, un istogramma distribuito uniformemente indica che ce ne sono pochi. Crea un istogramma dei p-value per lo studio sulla leucemia.
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L’oggetto del modello adattato dello studio sulla leucemia del Capitolo 2, fit2, è stato caricato nel tuo workspace. Il pacchetto limma è già caricato.
Usa
topTableper ottenere le statistiche riassuntive per ogni gene.Per ottenere i risultati per ogni gene, imposta l’argomento
numberal numero di righe difit2.Per disabilitare l’ordinamento dei risultati per livello di significatività, imposta l’argomento
sort.bya"none".Usa
histper creare un istogramma dei p-value.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Obtain the summary statistics for every gene
stats <- ___(fit2, number = ___, sort.by = ___)
# Plot a histogram of the p-values
___(stats[, ___])