Test dell'espressione differenziale per 3 gruppi
Ora che hai specificato la matrice di disegno e la matrice dei contrasti, puoi testare l'espressione differenziale.
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L'oggetto ExpressionSet eset con i dati di ipossia, la matrice di disegno (design) e la matrice dei contrasti (cm) sono stati caricati nel tuo workspace.
Adatta i coefficienti del modello con
lmFit.Adatta i contrasti con
contrasts.fit.Calcola le statistiche t con
eBayes.Riassumi i risultati con
decideTests.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)