Test per l'espressione differenziale
Ora che hai definito una matrice di disegno e una matrice dei contrasti, puoi testare l'espressione differenziale dovuta al trattamento con doxorubicina nei due tipi di topo.
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L'oggetto ExpressionSet eset con i dati sulla doxorubicina, la matrice di disegno design e la matrice dei contrasti cm sono stati caricati nel tuo ambiente. Il pacchetto limma è già caricato.
Stima i coefficienti del modello con
lmFit.Applica i contrasti con
contrasts.fit.Calcola le t-statistiche con
eBayes.Riassumi i risultati con
decideTestsevennDiagram.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)
# Create a Venn diagram
___(results)