Rimuovere gli effetti di batch
Nel precedente esercizio hai mostrato che l’effetto del batch aveva un impatto maggiore sulla variazione rispetto al trattamento. Fortunatamente, lo studio sulle cellule staminali olfattive era perfettamente bilanciato, cioè ogni trattamento era presente in tutti e 4 i batch. Perciò puoi rimuovere la variazione introdotta dall’elaborazione per batch per aumentare il rapporto segnale-rumore.
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L’oggetto ExpressionSet eset con i dati delle cellule staminali olfattive è stato caricato nel tuo workspace.
- Usa
removeBatchEffectper rimuovere l’effetto dei 4 batch dai dati. - Usa
plotMDSper tracciare le componenti principali. Etichetta i campioni in base al trattamento ricevuto. - Visualizza di nuovo le componenti principali, etichettando i campioni in base al loro batch.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Load package
library(limma)
# Remove the batch effect
exprs(eset) <- ___(eset, batch = ___)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)