Matrice di disegno per 3 gruppi
Nell'esperimento di ipossia, le cellule staminali sono state esposte a 3 diversi livelli di ossigeno: 1%, 5% e 21%. Per confrontare la funzionalità cellulare in questi 3 ambienti, usa la parametrizzazione a medie di gruppo per specificare un modello lineare con un coefficiente per ciascun livello di ossigeno.
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L'oggetto eset di tipo ExpressionSet con i dati di ipossia è stato caricato nel tuo workspace.
- Usa
model.matrixper creare una matrice di disegno senza intercetta. Ricorda che la variabile di interesse per questo studio (3 livelli di ossigeno) si trova nella colonnaoxygendel data frame dei fenotipi.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)