Matrice di disegno per fattoriale 2x2
In questo esperimento fattoriale 2x2 per indagare l’effetto della siccità sulla crescita degli alberi, 2 diversi tipi di pioppo (Populus) sono stati coltivati con 2 diverse quantità d’acqua. Per ottenere un coefficiente del modello per ciascun gruppo, devi prima combinare le due variabili.
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L’oggetto ExpressionSet eset con i dati di Populus è stato caricato nel tuo workspace.
Combina le variabili
type(il tipo di albero) ewater(normale vs. siccità) in un’unica variabile fattoriale.Usa
model.matrixper creare una matrice di disegno senza intercetta.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)