Crea un oggetto ExpressionSet
Gestire 3 insiemi di dati diversi per un singolo esperimento è noioso e soggetto a errori, soprattutto se devi applicare dei filtri. Combina i 3 insiemi di dati dell'esperimento sulla leucemia in un unico oggetto usando la classe Bioconductor ExpressionSet.
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
La matrice di espressione (x), i dati delle feature (f) e i dati fenotipici (p) sono già caricati nel tuo workspace.
Crea un nuovo oggetto ExpressionSet usando la funzione
ExpressionSet.Passa la matrice di espressione all'argomento
assayData.Passa il data frame fenotipico all'argomento
phenoData.Passa il data frame delle feature all'argomento
featureData.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Load package
library(Biobase)
# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
featureData = AnnotatedDataFrame(___))
# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)