Matrice dei contrasti

Per verificare l’effetto della doxorubicina sui cuori dei topi wild type e Top2b null (e qualsiasi interazione tra trattamento e genotipo), devi mettere a confronto i coefficienti della matrice di disegno.

Questo esercizio fa parte del corso

Analisi dell'espressione differenziale con limma in R

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Istruzioni dell'esercizio

L’oggetto ExpressionSet eset con i dati sulla doxorubicina e la matrice di disegno design sono già caricati nel tuo workspace. Il pacchetto limma è già caricato.

Crea dox_wt per testare l’effetto della doxorubicina nei topi wild type.
Crea dox_top2b per testare l’effetto della doxorubicina nei topi Top2b null.
Crea un termine di interazione per testare le differenze nella risposta alla doxorubicina tra i due tipi di topi (suggerimento: confronta dox_top2b e dox_wt).

Esercizio pratico interattivo

Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

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