Matrice dei contrasti per fattoriale 2x2

In un disegno fattoriale 2x2 ci sono molti contrasti possibili. Devi testare: le differenze tra i tipi di albero in ciascuna condizione idrica, le differenze nella risposta alla siccità per ciascun tipo di albero e le differenze nella risposta alla siccità tra i due tipi di albero (tradizionalmente chiamato effetto di interazione).

Questo esercizio fa parte del corso

Analisi dell'espressione differenziale con limma in R

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Istruzioni dell'esercizio

L'oggetto eset di tipo ExpressionSet con i dati Populus e la matrice di disegno che hai appena creato (design) sono stati caricati nel tuo workspace.

Crea type_drought per testare l'effetto del tipo di albero (NM6 vs. DN34) nella condizione di siccità.
Crea water_dn34 per testare l'effetto della siccità negli alberi DN34.
Crea un termine di interazione per testare le differenze nella risposta alla siccità tra i due tipi di albero (suggerimento: contrasta water_nm6 e water_dn34).

Esercizio pratico interattivo

Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
                    type_drought = ___ - ___,
                    water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
                    water_dn34 = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

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