Test per l’espressione differenziale tra 2 gruppi
Ora che hai un oggetto ExpressionSet e una matrice di disegno, puoi adattare e testare il tuo modello con limma.
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L’oggetto ExpressionSet eset con i dati sulla leucemia e la matrice di disegno che hai appena creato (design) sono stati caricati nel tuo workspace.
Adatta i coefficienti del modello con
lmFit.Calcola le t-statistiche con
eBayes.Riassumi i risultati con
decideTests.Poiché non ha senso testare il termine di intercetta, specifica il coefficiente
"Diseasestable"quando eseguidecideTests.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)
# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)