Filtra i geni

Ora che i dati sono stati trasformati in log e normalizzati per quantile, devi rimuovere i geni con bassa espressione che non sono rilevanti per il sistema in studio.

Questo esercizio fa parte del corso

Analisi dell'espressione differenziale con limma in R

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Istruzioni dell'esercizio

L'oggetto ExpressionSet eset_norm con i dati di Populus normalizzati è stato caricato nel tuo workspace.

Usa plotDensities per visualizzare la distribuzione dei livelli di espressione genica per ciascun campione. Disattiva la legenda.
Usa rowMeans per determinare quali geni hanno un livello medio di espressione maggiore di 5. Chiama questo vettore logico keep.
Filtra i geni (cioè le righe) dell'oggetto ExpressionSet con il vettore logico keep e visualizza di nuovo.

Esercizio pratico interattivo

Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.

library(limma)

# Create new ExpressionSet to store filtered data
eset <- eset_norm

# View the normalized gene expression levels
___(eset, legend = ___); abline(v = 5)

# Determine the genes with mean expression level greater than 5
keep <- ___(exprs(eset)) > ___
sum(keep)

# Filter the genes
eset <- eset[___]
___(eset, legend = ___)

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