Arricchimento delle vie
Per capire meglio l’effetto dei geni a espressione differenziale nello studio sulla doxorubicina, testerai l’arricchimento di vie biologiche note curate nel database KEGG. Quali vie KEGG sono sovra-rappresentate nei geni a espressione differenziale per i contrasti "dox_wt" e "interaction"?
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L’oggetto del modello adattato fit2 è stato caricato nel tuo workspace. Il pacchetto limma è già caricato.
Estrai gli ID genici Entrez dal data frame
fit2$genes.Esegui il test di arricchimento delle vie KEGG con
keggaper il contrasto"dox_wt". Imposta la specie a"Mm"per Mus musculus.Visualizza le prime 5 vie KEGG arricchite con
topKEGG.Ripeti l’arricchimento delle vie per il contrasto
"interaction".
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)