Test per espressione differenziale per fattoriale 2x2
Anche se hai più contrasti rispetto agli esempi precedenti, il test per l’espressione differenziale con limma segue comunque la stessa pipeline.
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L’oggetto ExpressionSet eset con i dati di Populus, la matrice di disegno (design) e la matrice dei contrasti (cm) sono stati caricati nel tuo workspace.
Stima i coefficienti del modello con
lmFit.Adatta i contrasti con
contrasts.fit.Calcola le statistiche t con
eBayes.Riassumi i risultati con
decideTests.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)