Matrice di disegno
L'esperimento con doxorubicina è un disegno fattoriale 2x2, quindi dovrai creare una variabile combinata da usare nella parametrizzazione per medie di gruppo.
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L'oggetto ExpressionSet eset con i dati sulla doxorubicina è stato caricato nel tuo workspace.
Combina le variabili
genotype(WT vs. Top2b null) etreatment(PBS vs. Dox) in un'unica variabile fattoriale.Usa
model.matrixper creare una matrice di disegno senza intercetta.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)