Matrice dei contrasti per 3 gruppi
Per identificare i geni differenzialmente espressi tra ciascuno dei 3 livelli di ossigeno, devi definire 3 contrasti a coppie.
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
Nello spazio di lavoro sono stati caricati l’oggetto ExpressionSet eset con i dati di ipossia e la matrice di disegno che hai appena creato (design).
- Usa
makeContrastsper definire i 3 contrasti a coppie. Ricorda di usare i nomi delle colonne della matrice di disegno senza virgolette.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
ox21vox01 = ___ - ___,
ox21vox05 = ___ - ___,
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm