Volcano plot
Ora visualizzerai l’entità dell’espressione differenziale per ciascun contrasto con un volcano plot, che mostra sulle y le log-odds di espressione differenziale e sulle x il log fold change.
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L’oggetto del modello adattato fit2 è stato caricato nel tuo workspace. Il pacchetto limma è già caricato.
Accedi ai simboli genici (
symbol) dal data framefit2$genes.Crea un volcano plot che metta in evidenza i 5 geni principali per ciascuno dei 3 contrasti.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)