Istogramma dei p-value
Dopo aver eseguito il test, verifica che il modello sia stato specificato correttamente ispezionando la distribuzione dei p-value per ciascun contrasto. Ricorda che ci si aspetta una distribuzione uniforme dei p-value per un contrasto con pochi geni a espressione differenziale, e una distribuzione asimmetrica verso destra per un contrasto con molti geni a espressione differenziale.
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L'oggetto del modello adattato fit2 è stato caricato nel tuo workspace. Il pacchetto limma è già caricato.
Usa
topTableper ottenere le statistiche riassuntive per ogni gene per il contrasto"dox_wt". Imposta il numero di geni da restituire uguale al numero di righe difit2.Ripeti per i contrasti
"dox_top2b"e"interaction".Usa
histper creare un istogramma dei p-value per ciascuno dei tre contrasti.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Obtain the summary statistics for the contrast dox_wt
stats_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
sort.by = "none")
# Obtain the summary statistics for the contrast dox_top2b
stats_dox_top2b <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
sort.by = "none")
# Obtain the summary statistics for the contrast interaction
stats_interaction <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
sort.by = "none")
# Create histograms of the p-values for each contrast
___(stats_dox_wt[___])
___(stats_dox_top2b[___])
___(stats_interaction[___])