Categorie di gene ontology
Nel precedente esercizio, hai testato l’arricchimento di pathway biologici. Ora testerai l’arricchimento in insiemi di geni noti per influenzare lo stesso processo biologico, chiamati categorie di gene ontology (GO). Quali categorie GO sono sovra-rappresentate nei geni a espressione differenziale dello studio sulla leucemia?
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L’oggetto del modello adattato dello studio sulla leucemia del Capitolo 2, fit2, è stato caricato nel tuo workspace. Il pacchetto limma è già caricato.
Estrai gli ID dei geni Entrez dal data frame
fit2$genes.Esegui il test per le categorie GO arricchite con
goana. Imposta la specie a"Hs"per Homo sapiens.Visualizza le prime 20 categorie GO arricchite con
topGO. Imposta l’argomentoontologya"BP"per restituire i Processi Biologici.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)
# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)