Visualizza gli effetti di batch
Nell'esperimento sulle cellule staminali olfattive, erano presenti 7 trattamenti con 4 replicati ciascuno per un totale di 28 campioni. Tuttavia, questi 28 campioni sono stati processati in 4 batch separati. L'effetto dei trattamenti è di interesse biologico, mentre l'effetto dei batch è rumore tecnico. Usando la riduzione della dimensionalità, determina quale di questi due effetti ha avuto un impatto maggiore sui dati di espressione genica.
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L'oggetto eset di tipo ExpressionSet con i dati delle cellule staminali olfattive è stato caricato nel tuo spazio di lavoro.
Usa
plotMDSper tracciare le componenti principali. Etichetta i campioni in base al trattamento ricevuto e impostagene.selectionsu"common".Visualizza nuovamente le componenti principali, etichettando i campioni in base al loro batch.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Load package
library(limma)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")