Verifica le fonti di variazione
Ora usa l’analisi delle componenti principali per verificare le fonti di variazione nei dati. I campioni formano cluster in base al loro genotipo (WT vs. Top2b null) e al trattamento (PBS vs. Dox)?
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L’oggetto ExpressionSet eset con i dati su doxorubicina è stato caricato nel tuo workspace. Il pacchetto limma è già caricato.
Usa
plotMDSper tracciare le componenti principali. Etichetta i campioni in base al loro genotipo.Visualizza di nuovo le componenti principali, etichettando i campioni in base al loro trattamento.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")