Boxplot di Top2b
Ora un controllo di buon senso: crea un boxplot del livello di espressione di Top2b per confermare che i topi null hanno livelli di espressione di Top2b più bassi.
Ricorda che hai creato un boxplot simile nel Capitolo 1, Esercizio 4.
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L'oggetto ExpressionSet eset con i dati della doxorubicina è stato caricato nel tuo workspace.
Trova la riga che contiene i dati di Top2b cercando
"Top2b"nella colonna"symbol"dei dati delle feature.Crea un boxplot usando la sintassi a formula. Il livello di espressione deve stare a sinistra di
~, e la variabile di genotipo a destra.Passa la riga del data frame delle feature all'argomento
mainper dare il titolo al grafico.
esercizio interattivo pratico
Prova questo esercizio completando questo codice di esempio.
# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")
# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
main = ___(eset)[top2b, ])