Pathway KEGG
Per aiutare l’interpretazione dei risultati di espressione differenziale, una tecnica comune è testare l’arricchimento in insiemi di geni noti. Il database KEGG contiene insiemi curati di geni che si sa interagiscono nello stesso pathway biologico. Quali pathway KEGG sono sovra-rappresentati nei geni differenzialmente espressi dello studio sulla leucemia?
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L’oggetto di modello adattato dello studio sulla leucemia del Capitolo 2, fit2, è stato caricato nel tuo workspace. Il pacchetto limma è già caricato.
Estrai gli ID dei geni Entrez dal data frame
fit2$genes.Esegui il test di arricchimento dei pathway KEGG con
kegga. Imposta la specie a"Hs"per Homo sapiens.Visualizza i primi 20 pathway KEGG arricchiti con
topKEGG.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)